C_beta = Atom('CH2')
C_delta = Atom('CH2')
C_epsilon = Atom('CH2')
C_gamma = Atom('CH2')
H_zeta_1 = Atom('H')
H_zeta_2 = Atom('H')
H_zeta_3 = Atom('H')
N_zeta = Atom('N')
bonds = [Bond(C_gamma, C_beta), Bond(C_delta, C_gamma), Bond(C_epsilon, C_delta), Bond(N_zeta, C_epsilon), Bond(H_zeta_1, N_zeta), Bond(H_zeta_2, N_zeta), Bond(H_zeta_3, N_zeta), ]
pdb_alternative = {'HG1': '3HG', 'HB1': '3HB', 'HZ3': '3HZ', 'HZ2': '2HZ', 'HD1': '3HD', 'HE1': '3HE', 'HZ1': '1HZ', }
pdbmap = [('LYS', {'CD': C_delta, 'CE': C_epsilon, 'CG': C_gamma, '3HZ': H_zeta_3, 'CB': C_beta, '1HZ': H_zeta_1, '2HZ': H_zeta_2, 'NZ': N_zeta, }, ), ]
amber91_atom_type = {N_zeta: 'N3', C_gamma: 'C2', H_zeta_2: 'H3', C_delta: 'C2', H_zeta_3: 'H3', H_zeta_1: 'H3', C_epsilon: 'C2', C_beta: 'C2', }
name = 'lys_sidechain'
